掃描式電子顯微鏡是用聚焦電子束在試樣表面逐點(diǎn)掃描成像。試樣為塊狀或粉末顆粒，成像信號(hào)可以是二次電子、背散射電子或吸收電子。其中二次電子是主要的成像信號(hào)。
由電子槍發(fā)射的能量為5～35keV的電子，以其交叉斑作為電子源，經(jīng)二級(jí)聚光鏡及物鏡的縮小形成具有一定能量、一定束流強(qiáng)度和束斑直徑的微細(xì)電子束，在掃描線圈驅(qū)動(dòng)下，于試樣表面按一定時(shí)間、空間順序作柵網(wǎng)式掃描。聚焦電子束與試樣相互作用，產(chǎn)生二次電子發(fā)射（以及其它物理信號(hào)），二次電子發(fā)射量隨試樣表面形貌而變化。
二次電子信號(hào)被探測(cè)器收集轉(zhuǎn)換成電訊號(hào)，經(jīng)視頻放大后輸入到顯像管柵極，調(diào)制與入射電子束同步掃描的顯像管亮度，得到反映試樣表面形貌的二次電子像。
掃描式電子顯微鏡是用電子探針對(duì)樣品表面掃描使其成像的電子顯微鏡。應(yīng)用電子束在樣品表面掃描激發(fā)二次電子成像的電子顯微鏡。主要用于研究樣品表面的形貌與成分。
而透射電子顯微鏡是一個(gè)電子光學(xué)儀器。透射電鏡包含大型透射電鏡、低壓透射電鏡、冷凍電鏡等，并擁有樣品內(nèi)部組織形貌觀察、原位的電子衍射分析、原位的成分分析、表面形貌觀察等功能。
透射電子顯微鏡是用透過(guò)樣品的電子束使其成像的電子顯微鏡，在一個(gè)高真空系統(tǒng)中，由電子槍發(fā)射電子束，穿過(guò)被研究的樣品，經(jīng)電子透鏡聚焦放大，在熒光屏上顯示出高度放大的物像，還可作攝片記錄的一類常見(jiàn)的電子顯微鏡。
